一般納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品用于生產(chǎn)經(jīng)營，是可以抵扣進項稅額的！比如超市用于銷售而采購的水果、酒樓用于餐飲服務而購買的蔬菜、建筑公司用于美化環(huán)境而購進的花卉樹木等等，企業(yè)只要取得購買這些農(nóng)產(chǎn)品的合規(guī)票據(jù)，都是可以進行抵扣的。但是，納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品進項抵扣時，不同的扣除憑證可能存在不同的抵扣方式，符合條件的，還可以同時適用加計抵減政策。
1.目前，農(nóng)產(chǎn)品增值稅適用稅率為9%（一般納稅人）需要注意的是：像以糧食為原料加工的速凍食品、方便面、玉米蛋白粉等，以及熟制的水產(chǎn)品和各類水產(chǎn)品罐頭，精制茶、水果罐頭、中成藥、酸奶等不屬于“農(nóng)產(chǎn)品”范圍。
2.農(nóng)產(chǎn)品免稅的情況
(1)銷售自產(chǎn)初級農(nóng)產(chǎn)品；
(2)農(nóng)民專業(yè)合作社銷售本社成員生產(chǎn)的農(nóng)業(yè)產(chǎn)品；
(3)采取“公司+農(nóng)戶”經(jīng)營模式銷售畜禽；
(4)制種企業(yè)在特定生產(chǎn)經(jīng)營模式下，生產(chǎn)銷售種子；
(5)從事蔬菜批發(fā)、零售的納稅人銷售的蔬菜；目前，對于農(nóng)產(chǎn)品進項稅額扣除方式主要有兩種：1.憑票抵扣
(1)一般納稅人開具的增值稅專用發(fā)票；
(2)海關進口增值稅專用繳款書；
(3)從按照3%征收率繳納增值稅的小規(guī)模納稅人處取得的增值稅專用發(fā)票；
(4)農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票。
另外，所謂農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票，就是指農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者銷售自產(chǎn)農(nóng)產(chǎn)品適用免征增值稅政策而開具的普通發(fā)票，不包括批發(fā)零售環(huán)節(jié)納稅人銷售免稅農(nóng)產(chǎn)品開具的免稅發(fā)票和小規(guī)模納稅人開具的增值稅普通發(fā)票。
2.核定扣除
農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額核定扣除，是指為加強農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額抵扣管理，試點納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品不再憑增值稅扣稅憑證抵扣增值稅進項稅額，而是采用一定的進項稅額核定方法進行抵扣。大部分地區(qū)采用投入產(chǎn)出法核定農(nóng)產(chǎn)品增值稅進項稅額。
不同農(nóng)產(chǎn)品發(fā)票
不同的農(nóng)產(chǎn)品發(fā)票，其進項稅額也是不同的，常見的情況有這四種：(1)在購入當期，應遵從農(nóng)產(chǎn)品抵扣的一般規(guī)定，按照9%計算抵扣進項稅額。
(2)用于生產(chǎn)或者委托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，按照10%的扣除率計算進項稅額。注意：農(nóng)產(chǎn)品加計扣除建議分兩步走，在購入當期，應遵從農(nóng)產(chǎn)品抵扣的一般規(guī)定，按照9%計算抵扣進項稅額；未來考慮用于生產(chǎn)或者委托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，生產(chǎn)領用時加計1%扣除。
二、從小規(guī)模納稅人處購進取得增值稅專用發(fā)票(1)用于初加工，以增值稅專用發(fā)票上注明的金額和9%的扣除率計算進項稅額。
(2)用于生產(chǎn)或者委托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，按照10%的扣除率計算進項稅額。前文講到了小規(guī)模納稅人3%減按1%政策，那么新政策下，從小規(guī)模納稅人處取得的1%稅率的農(nóng)產(chǎn)品進項發(fā)票，能否按照9%計算抵扣進項稅額呢？具體可以看下上篇→《稅局明確！3%的專票可以按9%抵扣！但1%的專票不行！》簡單來說：一般納稅人取得小規(guī)模銷售方開具的1%的專票到底可以抵扣9%的進項稅！
增值稅一般納稅人取得僅注明一個繳款單位信息的海關繳款書，應當?shù)卿洷臼?區(qū)、市)增值稅發(fā)票選擇確認平臺(以下簡稱“選擇確認平臺”)查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關繳款書信息。通過選擇確認平臺查詢到的海關繳款書信息與實際情況不一致或未查詢到對應信息的，應當上傳海關繳款書信息，經(jīng)系統(tǒng)稽核比對相符后，納稅人登錄選擇確認平臺查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關繳款書信息。
增值稅一般納稅人取得注明兩個繳款單位信息的海關繳款書，應當上傳海關繳款書信息，經(jīng)系統(tǒng)稽核比對相符后，納稅人登錄選擇確認平臺查詢、選擇用于申報抵扣或出口退稅的海關繳款書信息。
四、取得農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票1.購進農(nóng)產(chǎn)品，取得（開具）農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票的，以農(nóng)產(chǎn)品銷售發(fā)票或收購發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
2.購進用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13%稅率貨物的農(nóng)產(chǎn)品，按照10%的扣除率計算進項稅額。3.納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品既用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13%稅率貨物又用于生產(chǎn)銷售其他貨物服務的，應當分別核算用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13%稅率貨物和其他貨物服務的農(nóng)產(chǎn)品進項稅額。未分別核算的，統(tǒng)一以農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和9%的扣除率計算進項稅額。
一、購進農(nóng)產(chǎn)品沒有索取增值稅專用發(fā)票，沒有扣稅憑證，導致無法抵扣進項稅額。二、購進農(nóng)產(chǎn)品取得稅務機關代開的增值稅專用發(fā)票，在進行增值稅納稅申報時按發(fā)票上注明的稅額（3%征收率對應的增值稅額）填列附列資料（二）第1欄和第2欄，導致少抵扣進項稅額。三、從批發(fā)、零售環(huán)節(jié)小規(guī)模納稅人購進農(nóng)產(chǎn)品取得普通發(fā)票抵扣了進項稅額。(一)從批發(fā)、零售環(huán)節(jié)納稅人處購進免稅蔬菜；(二)從批發(fā)、零售環(huán)節(jié)納稅人處購進免稅鮮活肉蛋產(chǎn)品。四、向農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者購買農(nóng)產(chǎn)品與從批發(fā)零售環(huán)節(jié)購買農(nóng)產(chǎn)品未分開核算。建議取得農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者開具的普通發(fā)票，在備注欄內(nèi)或具體農(nóng)產(chǎn)品名稱后注明“農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者自產(chǎn)”，以免難以區(qū)分。五、2019年4月1日以前收購的農(nóng)產(chǎn)品，4月1日以后用于生產(chǎn)或委托加工13%稅率的貨物，錯誤地按照2%加計扣除。對于4月1日以后領用農(nóng)產(chǎn)品用于生產(chǎn)或委托加工13%稅率的貨物，不論4月1日以前收購還是4月1日之后收購，應統(tǒng)一按照1%加計扣除。六、購進農(nóng)產(chǎn)品既用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13%稅率貨物又用于生產(chǎn)銷售其他貨物或服務的，未分別核算用于生產(chǎn)銷售或委托受托加工13% 稅率貨物和其他貨物或服務的農(nóng)產(chǎn)品進項稅額。未分別核算的，企業(yè)必須統(tǒng)一以增值稅專用發(fā)票或海關進口增值稅專用繳款書上注明的增值稅額為進項稅額，或以農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票上注明的農(nóng)產(chǎn)品買價和9% 的扣除率計算進項稅額。七、核定扣除未按規(guī)定計算可抵扣進項稅額。存在農(nóng)產(chǎn)品平均購買單價計算錯誤、扣除率使用錯誤等，或者將取得專用發(fā)票的農(nóng)產(chǎn)品抵扣進項后又進行核定扣除，造成重復抵扣等風險。八、未按規(guī)定開具農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票。(一)從非農(nóng)業(yè)生產(chǎn)者處購買的農(nóng)產(chǎn)品開具了農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票，存在不予抵扣進項稅額的風險。(二)開具的農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票品名超出了52號文注釋所列舉的農(nóng)產(chǎn)品范圍，比如將洗凈毛、洗凈絨、中成藥、方便面、熟制的水產(chǎn)品、肉類熟制品、肉桂油等開具了農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票。(三)發(fā)生了交易，但人為操縱農(nóng)產(chǎn)品收購數(shù)量或價格，造成不繳或少繳稅款，存在行政處罰甚至被認定為虛開發(fā)票的風險。(四)未發(fā)生交易，虛開農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票。對于虛開農(nóng)產(chǎn)品收購發(fā)票或銷售發(fā)票的，存在進行行政處罰，依法追究刑事責任的風險。
